Au XIVe siècle, le bourg d’Illhaeusern (littéralement « les maisons  au bord
de l’Ill») est fondé par les pêcheurs du village voisin de Guémar qui construisent quelques habitations
sur la Gemeinmarck (1) afin de se rapprocher de l’Ill, leur lieu de travail. Le nom d’Illhaeusern apparaît pour la première fois dans un document de 1482. La corporation des pêcheurs (Fischerzunft) dispose au fi l des siècles d’une influence croissante dans la vie du village. Ils sont soumis à une réglementation locale très sévère établie en 1491. Dès le XIVe siècle, un péage était installé sur le bord de l’Ill. Puis au XVe siècle, avec l’installation des bateliers et des pêcheurs, un port se développa. Illhaeusern, tout comme Guémar, appartient à la seigneurie des Ribeaupierre, jusqu’en 1789. Dès le début du XVIe siècle, Illhaeusern est institué en commune avec son propre régime, son prévôt, ses gens de justice, tout en restant une annexe de Guémar.
En 1833, Illhaeusern devient une commune totalement autonome. Le 16 juin 1940, les Allemands occupent le village et afin d’entraver leur avancée, les ponts sur l’Ill  et sur l’Orch sont détruits ainsi que les deux restaurants du village et quatre maisons. L’originalité du passé d’Illhaeusern est due
à sa situation géographique : le village est situé dans le Ried au confluent des cours d’eau de la Fecht
et de l’Ill (et de son bras le Bennwasser). Du XVe au XXe siècle, Illhaeusern est surtout connu comme un village de bateliers et de pêcheurs. L’économie du village est fondée sur ses activités de pêche et la mise en valeur des produits piscicoles, à l’image des fritures, matelotes et autres beignets d’écrevisses ayant jadis fait sa renommée et qui font aujourd’hui encore le bonheur des gastronomes. Illhaeusern a su conserver son charme paisible et son caractère bucolique en préservant notamment les berges de l’Ill et quelques maisons anciennes, malgré les destructions causées par les combats de décembre 1944 et surtout de janvier 1945.