Construite sur une ancienne nécropole, la première église peut être datée de la fin du XIe ou du XIIème siècle.
L’église renferme des témoins de toutes les phases de sa construction. Bien que présentant quelques éléments romans, l’édifice actuel est essentiellement gothique.

Archéologiquement très intéressante, notamment pour ses nombreuses sépultures, l’église historique de Baldenheim possède un décor peint médiéval parmi les mieux conservés d’Alsace.

Des travaux de restauration (1992) ont mis au jour ou rafraîchi les « fresques », recouvertes de plusieurs couches de badigeon.
L’essentiel des peintures murales de la nef datent du XIVème siècle. Celles du chœur furent réalisées à la fin du XVème siècle, d’après les dessins de Martin Schongauer, très célèbre graveur alsacien, et probablement de son vivant.

Après l’introduction de la Réforme en 1576, l’église devint protestante.
En 1749, les catholiques reprirent possession du chœur et le gardèrent jusqu’à la construction d’une nouvelle église catholique à Baldenheim en 1938.
Ce fut la période du simultanéum : église partagée entre protestants et catholiques.

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