Chassés de Sélestat à la Révolution, des franciscains de Metz sont autorisés par l'évêque de Strasbourg à s'y implanter à nouveau, peu après la Grande Guerre, en 1919.

Ils occupent d'abord une maison dédiée à saint Antoine de Padoue dans la rue de Scherwiller. Rapidement à l'étroit, ils souhaitent agrandir leur couvent et bâtir une église. Ils vont s'installer à Saint-Antoine. L'église néo-gothique sera réalisée par l'architecte Adolphe Molz, en grès rose pour les pierres de façade, plutôt qu'en béton, comme initialement prévu. Elle est achevée en 1931.

L'orgue installé en 1992 provient de la chapelle Saint-Vincent-de-Paul de la Teppe à Tain l'Hermitage (Drôme) fabriqué alors par Joseph Merklin en 1885.

Des vitraux de l'atelier Ott Frères de Strasbourg éclairent l'endroit et représentent notamment des épisodes de la vie de saint Antoine.
La chaire en grès sculpté est remarquable. Le chœur, profond, possède un maître-autel surmonté d'un calvaire imposant. Particularité du lieu, les bras du transept accueillent chacun 2 autels latéraux. Crèche très imposante que l'on peut contempler entre le 25/12 et le 02/02.

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